Początki Borzęcina sięgają roku 1364, kiedy to biskup infułat krakowski Bodzanta Jankowski na "pustkowiu-karczowisku" założył wieś zwaną pierwotnie Bodzancinem. Na miejscu wykarczowanego lasu nadano 52 gospodarzom po jednym łanie ziemi, a powstałą wieś nazwano "Bodzantinem". Nazwa ta wraz z upływem czasu uległa wielokrotnej zmianie. Bodzantin zmieniono na Bodzanczinek a następnie kolejno na Bodzanczin, Borzęczyn, Bodzcinek, Bożęcin, Bożęcinek, Bożencinek i Borzęcin. Władze w nowo założonej wsi sprawował sołtys.
Początkowo wieś zamieszkiwała ludność pochodzenia słowiańskiego, a w latach następnych sprowadzono osadników ze Śląska i Niemiec. Wieś, dzięki specyficznemu położeniu - bory i mokradła, była miejscem bezpiecznym, znakomitym schronieniem przed zemstą feudałów oraz wrogich najazdów na kraj. W nowo założonej wiosce powstała parafia, pierwszy drewniany kościół (1364r.), wybudowano karczmę i młyn. Pierwsza szkoła parafialna powstała w roku 1596. W latach 1655-1657 Borzęcin padł ofiarą najazdów, grabieży wojsk szwedzkich i siedmiogrodzich.
Budowę istniejącego do dzisiaj kościoła parafialnego pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny rozpoczęto w roku 1680, a ukończono ją w roku 1730. Bodzancin do roku 1772 był własnością biskupów krakowskich należąc do tzw. "klucza radłowskiego". Chłopi odrabiali pańszczyznę na folwarkach w Biskupicach Radłowskich i Radłowie. Wybudowany w roku 1730 kościół uległ spaleniu w 1802 roku.
Od drugiej połowy XIV wieku do roku 1772, Borzęcin należał do powiatu pilzneńskiego, województwa sandomierskiego. Od roku 1736 władzę we wsi sprawował wójt. Na przestrzeni lat Borzęcin przechodził różne zmiany administracyjne. Po roku 1772 znalazł się w granicach cesarstwa austriackiego, w powiecie bocheńskim. W latach 1835-1836 liczba ludności Borzęcina zmalała o 1100 osób (z 6080 do 4980) na skutek katastrofalnej powodzi, klęski głodu, epidemii cholery i srogiej zimy. Średnia długość życia wynosiła w tamtym czasie 28 lat.
Odbudowę spalonego w 1802 roku kościoła w Borzęcinie i jego rozbudowę rozpoczęto w 1854 roku.
W ramach tych prac poszerzono kościół, wybudowano m.in. dwie nawy boczne i dwie kaplice. Prace ukończono w 1917 roku. Po zakończeniu I wojny światowej dokończono wznoszenie sześciometrowej wieży (1922r.). W roku 1847 właściciel Borzęcina Wilhelm Badenfeld rozpoczął wznoszenie nowego budynku szkoły jednoklasowej oraz zapewnił materialne podwaliny jej funkcjonowania. W roku 1867, po utworzeniu przez zaborców austriackich nowego podziału administracyjnego, Borzęcin włączony został do powiatu brzeskiego. W roku 1893 oddano do użytku nową jednoklasową szkołę w Borzęcinie Dolnym, a w roku 1909 nowy budynek szkolny w Borzęcinie Górnym. Do dnia dzisiejszego pełni on swoją pierwotną funkcję.
W 1935 roku, kiedy utworzone zostały gminy zbiorowe, do Borzęcina przyłączono wieś Bielcza. Odtąd te wsie razem stanowiły gminę, w której administrację sprawował zarząd gminy. Na polach bitew I wojny światowej poległo 112 mieszkańców Borzęcina, podczas II wojny światowej zginęło 143 Borzęcan. Okres drugiej wojny światowej i okupacja niemiecka bardzo zniszczyły Borzęcin. Zniszczone zostały drogi i mosty. Budynki szkolne zostały całkowicie zdewastowane. Nie istniały żadne placówki kultury i zdrowia.
W styczniu 1945 roku przystąpiono do organizacji życia w gminie. W maju 1945 roku zaczął funkcjonować Urząd Gminy. Powoli przystępowano do odrabiania strat wojennych. Jako pierwszy odbudowano most w Borzęcinie Górnym, następnie wyremontowano drogę z Borzęcina do Bielczy, a później kolejno odbudowywano inne drogi. Aktywna postawa społeczeństwa gminy pozwoliła szybko odbudować zniszczenia wojenne.
W 1975 roku kiedy zniesiono powiaty, wyższą jednostką administracyjną nad gminami stały się województwa. Borzęcin odtąd do końca 1998 roku należał do województwa tarnowskiego. Od 1 stycznia 1999 roku tj. od wejścia w życie nowej reformy administracyjnej kraju, Borzęcin należy do powiatu brzeskiego i województwa małopolskiego.
Dokumentacją tradycji historycznych są na terenie gminy zabytki tj. kościół w Borzęcinie pod wezwaniem NMP z XVII wieku oraz kościół w Bielczy wybudowany w latach 1906-1908. Wśród zabytków sakralnej sztuki ludowej wymienić należy również figurę św. Floriana w Łękach z roku 1760. Z kolei w miejscowości Przyborów znaleźć możemy zachowany dwór ziemiański z II połowy XIX wieku otoczony pięknym parkiem ze starodrzewem. Warto również wspomnieć, że w Borzęcinie urodził się i spędził dzieciństwo światowej sławy dramaturg Sławomir Mrożek i poeta Józef Baran.
